研究人員使用已停產的創(chuàng)業(yè)公司Arivale的數(shù)據(jù)設計腸道微生物組多樣性的血液測試

如果你想知道你的腸道微生物組正在發(fā)生什么，我們的腸道細菌群體與整體健康有關，有很多公司愿意提供幫助。你只需付錢給他們 - 并發(fā)送一個便便樣本。

但事實證明，裝瓶糞便并不是獲取洞察力的唯一途徑。在研究系統(tǒng)生物學研究所在西雅圖(ISB)已制定尋找到與驗血的微生物狀態(tài)的新途徑。

微生物創(chuàng)業(yè)公司近年來激增。一些人正在尋找針對特定疾病的藥物發(fā)現(xiàn)，例如Finch Therapeutics和Maat Pharma。其他人，包括總部位于西雅圖的Viome，正在向消費者直接銷售微生物組的見解，以確保整體健康。

鑒于微生物組研究的相對早期階段，批評者質疑腸道的有用見解。這就是為什么ISB研究人員決定專注于微生物的多樣性。

“它本身的多樣性和臨床健康之間沒有很好的相關性。但是有些具體案例似乎確實是一個巨大的風險因素，“ 與Nathan Price博士一起研究的Sean Gibbons博士說，該研究今天在Nature Biotechnology上發(fā)表。

Gibbons說，低微生物組多樣性是復發(fā)艱難梭菌(C. diff)患者的一個強風險因素。C. diff是一種可能危及生命的細菌，在接受抗生素治療后，將近三分之一的患者回來。

“獲得這些反復感染對患者來說非常困難，”吉本斯說。“如果你可以避免這種循環(huán)，你不僅可以降低醫(yī)療成本，你實際上可以挽救生命并減少痛苦。”

C. diff患者可以用糞便移植治療，但這些僅在抗生素治療失敗后進行。Gibbons認為，血液檢測可以預先篩查患有復發(fā)C. diff的風險的患者，并避免疼痛的周期。

為了創(chuàng)建測試，研究人員嚴重依賴西雅圖創(chuàng)業(yè)公司Arivale編制的數(shù)據(jù)，旨在幫助人們變得更健康，通過健康避免疾病。

4月份Arivale因未能找到高價服務市場而關閉。但是，共同創(chuàng)立Arivale和ISB的Lee Hood博士從初創(chuàng)公司中拯救了大部分數(shù)據(jù)和技術并將其帶到了ISB。

該資源為Price和Gibbons提供了數(shù)百名前Arivale客戶的大量數(shù)據(jù)，這些客戶的微生物組測序和血液檢測，以及其他測試。研究人員能夠通過觀察11種血液代謝物來訓練模型，以預測哪些個體可能具有非常低的微生物組多樣性。Arivale客戶允許他們的數(shù)據(jù)用于研究，并且信息是匿名的。

Hood在一封電子郵件中告訴GeekWire，ISB研究是個人數(shù)據(jù)云如何為生物學和疾病提供新見解的“美麗例子”。

他們還發(fā)現(xiàn)了他們認為是腸道多樣性的“金發(fā)姑娘區(qū)”。多樣性低的人往往會出現(xiàn)腹瀉和炎癥，而那些多樣性高的人往往便秘或血液中有毒素。

在Arivale的數(shù)據(jù)幫助下，ISB研究人員認為可以找到更多與微生物組相關的見解。“我們正試圖建立一個真實的地圖，可以為如何操縱微生物組提供可操作的見解，”吉本斯說。

該數(shù)據(jù)集的一個缺點是它傾向于白人，注重健康的人，他們更有可能成為Arivale的客戶。“這有點偏頗，”吉本斯說。

在未來，ISB打算與Providence St. Joseph Health合作，這將使研究人員能夠接觸到更具代表性的人群。